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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表明出常见的生物学活力性，以及抗肉瘤和抗病性毒功能。基本上，三萜是经过甲羟戊酸行业合成视频的，并从自然仿真植物和念珠菌中抽取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊登了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的设计小作文。该设计发展三萜类氧化物野生灵芝粉酸（GA）是确认药液塑造培养的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物学制品转变成制造的。完成转录组和球核苷酸组学高技巧进一次探寻无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT制造两者野生灵芝粉酸（GA）的共识机制，并给出两组学高技巧加测到的相互影响性DNA和相互影响性球核蛋白，推算DHT 生物学制品自动合成 GA 的行业。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功能模块划分

顺利通过对无柄虫草病菌菌丝体参与转录组测序共能够67230个转录本和1429七个单遗传什么是人类基因。在这一些单遗传什么是人类基因中，496个被认定为差异性表述遗传什么是人类基因（DEGs），表中213个表述上浮，279个表述下跌（图1A）。GO聚集概述后，DEGs分为生物工程整个流程（BP）、癌细胞核含量（CC）和氧分子系统（MF）3类。在BP品类中，发现了前几个子品类：消炎药分折消化吸收整个流程，乙酸盐消化吸收整个流程和甲酸盐消化吸收整个流程;而在CC品类中，癌细胞核外区、突触混合体、突触结构的是前几个亚类。我们对MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）活力、脱色抹除酶活力和酸氨（或酰胺）连接方式酶活力是前几个亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG环路概述中，前30条聚集度最高的的环路中含27条都是消化吸收，表中甲烷气体消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收数字信号环路可观聚集（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和特点划分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄虫草病菌菌丝体做好蛋清质组学介绍，总计有设定了16,457种的难忘肽、2606种蛋清质和2588种按量蛋清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的挑选條件下，在这儿2606种蛋清质中，94种被检验为差距表述方式蛋清（DEPs），表中52种上浮，42种降低（图2A），图2C提示了差距表述方式蛋清的聚类探讨法介绍热图。从GO介绍来讲，BP行业类别提示，基本都数DEPs参与进来冰醋酸盐分泌时候、抗菌素细化的分泌时候和制剂细化的分泌时候。CC类DEPs在細胞系外区、过空气非金属氧化物物酶体和微体中占百分比最低，空气氧化物展现酶可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性在MF类中DEPs的百分比最低（图2B）。与转录组导致类似于，KEGG径路介绍提示，有很多DEPs在分泌中聚集，表中3条最聚集的途经是光合微生物制品中的碳一定、碳分泌和MAPK电磁波径路（图2D）。与此同时，利用介绍GO数据表格库的CC对DEPs做好亚細胞系追踪定位介绍和参考文献标注（图2E），DEPs注意分布图在細胞系质（40.66%）、細胞系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），说法上是GAs微生物制品聚合的注意地点。

图2|蛋清质组的一定量浅析和功用手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

营生物转变和比对组待选DEGs和DEPs制造了维恩图，有20个不同形容人类基因遗传遗传（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组通用的DEGs/DEPs做好聚类算法研究，表明mRNA和蛋清质彼此有1五类上浮人类基因遗传遗传和五类再降人类基因遗传遗传，DEGs与他译员的DEPs形容技术呈正对应，特征提取Pearson的对应比率研究，在转录组和蛋清质组彼此测试到相比较较高的对应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验没想到界面显示，E组和C组18个DEGs的呈现含量区别相关性，中仅9个为上涨DEGs，6个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的呈现现象与转录酚类化合物析没想到不同。

图3|球营养素组的酶联免疫法定量分析和工作查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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