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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿体统最先见的重大疾病中的一个。肾组织机构中CaOx晶胞过过饱和沉积物会关键性在于诱发肾小管細胞磨损和凋亡,关键性在于关键性在于诱发肾结石的构成。短链人体脂肪多酸由消化道内厌氧发酵法病毒发酵法合理膳食仟维造成,往往在不规则消化道防御系統中充分发挥出来做用,另外在体统级别上也充分发挥出来关键性做用。各举,丁酸是最丰富性的短链人体脂肪多酸,享有消除炎症和免疫抗体抑制性做用,本研发试论丁酸对CaOx肾结石的做用十分意向靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院口腔科泌尿美容外科吴忠教受、周子健博后于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠讲解、周子健教授在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱怪物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网络信息临床药理学服务的,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

小文章名称大全:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 企业组织:华山医生 探析另一半:大鼠、HK-2生殖细胞 好友分组个人信息:比较组(Con)、3d模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱具备技术应用:网上药剂学学查重

思维工作操作流程

钻研后果

科研工作员先要创造出一个大鼠模式化工具工具,按照人体生理什么是生化目标和阻止病症学刺绣等科研机制感觉丁酸不错缩短CaOx模式化工具工具大鼠肾CaOx结晶的养成和板材损害,调理CaOx模式化工具工具大鼠的感染板材损害和硫化物质的过快表示。除外,丁酸还可调节草酸介导的HK-2组织板材损害、硫化应激反应和组织凋亡。 为探究式丁酸框架和靶表观遗传网上,论述涉及到人员从PubChem添加丁酸和丁酸酯的二维和二维框架(图1A)。使用PharmMapper信息库和Uniprot信息库正确处理后共选择出116个丁酸靶表观遗传供进步剖析。将表观遗传列表页拷贝到STRING信息库,实现PPI网上剖析。Cytoscape写出了顺序排列的前20的交通联络线靶表观遗传的详解网上图,也包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。他们交通联络线表观遗传与网上中的另外表观遗传均表面出有一定的涉及到性,原因概述他们表观遗传很有将会更好地展现着一体化用。GO和KEGG剖析具体分析了丁酸交通联络线表观遗传的涉及到条件和菌物学性能(图1C)。交通联络线表观遗传基本与类固醇刺抗生素初次对答、硫化应激状态性初次对答、活力酶类氧细胞核对类固醇刺抗生素刺激性的响应及其对呈酸性普通机械成分的响应有关的。总而言之所写,他们交通联络线表观遗传基本陆续参与了硫化应激状态性和对活力酶类氧的菌物响应的时候,是肾结石进行工作机制中至关非常极为重要的条件,这证实丁酸很有将会在肾结石中更好地展现非常极为重要用。

图1| 丁酸成分与靶什么是基因wifi网络探讨(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进两步宇宙探索丁酸对CaOx肾结石或许切靶染色体,研发员工运用GEO数值库对GSE73680中卫生剖析与CaOx肾结石提高的染色体区别采取了研发。剖析组与CaOx结石提高的强势性区别展示爱染色体(DEGs)检查标准单位为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个染色体发生强势变换,进来3379个(89.4%)染色体展示爱上涨,404个(10.6%)染色体展示爱再降(图2A)。对DEGs采取聚类分析法浅析法浅析,热图屏幕上显示了前10个被选中DEGs的二维层次分割聚类分析法浅析法特点(图2B)。之后,研发员工使用GeneCards数值库人工费司法鉴定了370个机会与CaOx肾结石涉及到的染色体,排行榜前20位的分析染色体以及其涉及到性评价如下图下图2C下图。为了能找到了丁酸调理CaOx肾结石的重点靶点,研发员工将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石涉及到染色体整理实现打了个个Venn图。既定,CYP2C9被制定为丁酸影向CaOx肾结石的潜在性靶点(图2D)。然而,研发员工还采取了丁酸与CYP2C9的原子指导,CYP2C9的以下三个胺基酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸彼此之间效果,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在应用网络上药剂学学推测CYP2C9是丁酸导致CaOx肾结石的靶DNA后,研究探讨人数还在组织科学试验得知了CYP2C9可较低草酸诱发的HK-2组织的ROS品质、支原体感染受损和凋亡。

图2| 占多数据库结合深入分析预侧CYP2C9是丁酸影响于CaOx肾结石的靶基因组

分析结杲

本研究探讨先是看见丁酸在身体之外和身体内部均能调控CaOx肾结石建模方法的钝化物应激状态性和感染磨损,自后凭借微信网上药理学学学选择达到丁酸影向CaOx肾结石的风险靶点——CYP2C9,末尾凭借肿瘤肿瘤细胞进行实验灵魂存在CYP2C9在草酸盐介导的HK-2肿瘤肿瘤细胞ROS标准、感染磨损和凋亡。哪些看见证实丁酸几率凭借调控CYP2C9来调控CaOx肾结石的钝化物应激状态性,减少感染磨损。一项的过程中拜谱生态学提拱了微信网上药理学学学方法服务培训质量,因此拜谱生态学可上升比较成熟完整的DNA组学、核蛋白组学、代谢转化组学等多个学类产品及方法服务培训质量,欢迎辞拨通咨询中心! 符合文章:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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